Esta agremiação surgiu, devido divergências entre dois grupos do time S.E. Conselheiro Sinimbú, durante a eleição para a escolha da diretoria. Os componentes da chapa derrotada (32×30 votos) sentiram-se prejudicados no processo eleitoral, se afastaram e começaram a articular a criação de um novo clube. Escolheram o nome Vila Santista F.C., devido ao local onde moravam, entre canal 6 e rua Moema e ruas Bernardo Browne e rua Otávio Correa, chamar-se Vila Santista.
Na reunião de fundação do clube, estiveram presentes Belarmino Vieira da Silva, que veio a ser o primeiro presidente, Eleotério Iglesias, Francisco Ruiz Rodrigues (Paco), seu filho Francisco Simal Rodrigues (chiquinho) - na época com 12 anos de idade -, Primitivo Jonas da Silva, Antonio Mendes Serrano, Manoel de Castro, Mario Vieira da Silva e outros. Nesta reunião foi adotada a data 1º de maio de 1953, como de fundação do clube e as cores verde e amarela para seu uniforme.
No início, jogava no campo do Ás Negro F.C., na antiga praça Sinimbú. Seu primeiro jogo foi Vila Santista 1×2 Juvenil Castro Alves, com seu único gol marcado por Galo, cobrando falta. Construiu seu campo em terreno da Cia Docas de Santos, próximo ao canal 6 e paralelo à Linha Forte Augusto. Suas traves vieram do campo do Flor do Norte F.C., que havia sido desativado. Permaneceu no local até meados dos anos 70, quando houve a ampliação do Cais do Porto. Tinha sua sede social na rua Bernardo Browne, esquina com a rua Moema.
Entre seus títulos conquistados na várzea, destacam-se o tricampeonato do torneio de seleções dos bairros, da LFAS e CCE, ficando com o troféu definitivo do torneio. Foi também campeão do 1º Torneio Varzeano José Vaz, onde enfrentou as equipes do Santa Cecília, Escola de Samba Brasil, Cruz de Malta e Botafogo, entre outras.
